Квадрат проще не вырезать, а просто "метить" на столе.
Для этого зажмите в цангу какую-нибудь штуку с острым и длинным концом.
Типа гравера конусного на 15 градусов.
Или тонкую фрезу сломанную сточите до толщины иголки.
Посмотрите, с учетом хода оси портала, какой величины квадрат поместится у вас на рабочем столе.
Отметьте на небольшую глубину вершины квадрата. Лишь бы эти отметки можно было использовать.
Циркулем с иголками сравнивайте диагонали.
Вот как-то так.
Хотя вот сейчас схватился за калькулятор и почесал голову.
Предположим, у вас расстояние между рельсами, по которым ходит портал, расстояние 1000 мм.
Одна из кареток ушла вперед на 2мм.
Получается, угол ухода - арксинус(0.002)
Это 0.11 градуса.
Тогда на квадрате 1000*1000 мы получим разницу диагоналей около 2.8 мм.
Не шибко разница, но она есть.
Впрочем, пересчитайте это, исходя из расстояния между рельсами и размеров квадрата.
Получилось ли у вас отцепить и покатать каретки раздельно от портала?